３号機を乗せた輸送機は、順調に日本へ向けて飛行を続けていた。
玄関で靴紐を結んだシンジは、アスカの姿がないことをミサトに尋ねる。自分と顔を合わせたくないのだというミサトの答えに、シンジは疑問を抱く。シンジには、まだ女心は分からないか、とミサトがはにかんだ。シンジが4号機欠番の噂について確認すると、ミサトは一瞬驚いたものの、第２支部消滅の一件を伝える。
シンジを安心させるために声を掛けるミサトに対して、シンジは３号機の起動試験のことに触れる。シンジがパイロットの話に迫ると、ミサトは言葉を詰まらせてしまう。そこにケンスケが突然訪れ、自分をエヴァンゲリオン３号機のパイロットにして欲しいと志願したことで、その話はうやむやになってしまった。
トウジは学校の屋上で思い悩んでいた。そこへ、意外にもレイが姿を現した。トウジは、既に３号機の件は知っているのだろうと言って、レイが人の心配をするなんて珍しいなと言う。レイは、良く分からない、と答える。お前が心配しているのはシンジのことだとトウジが言うと、レイは、はっと自分の抱く気持ちに気づいて「そう……そうかもしれない」と呟く。その時、屋上で佇む二人の光景を見つけて、不安な表情を浮かべるヒカリの姿があった。
遅れて到着した３号機を前に、痺れを切らすミサト。
授業を受ける気になれないトウジは、一人抜け出した渡り廊下の影で自分の手を眺める。かつでシンジを殴った手で、これから自分がしようとしていることを想像して複雑な想いに駆られる。
アスカを誘って下校するヒカリ。恋の悩みを相談するヒカリに、アスカは強気のアドバイスを送る。トウジのどこがいいのか尋ねられたヒカリは、「優しいところ」と答えて、アスカを唖然とさせる。
その夜、機嫌を損ねたまま部屋に戻ったアスカは、寝転んで雑誌を読んでいた。机で本を読むシンジは素っ気無いアスカの態度に向かって、３号機のパイロットが誰なのかとぼやく。アスカは、まだその事実を知らなかったことに驚いて振り向いた。シンジが知りたがると、アスカはわざと知らない振りをする。
ミサトが留守の間、泊まることになっていた加持がシャワーから戻る。未だぎこちない空気の二人を前に、「こういう時は寝ちまうのが一番だ」と言って一同は就寝することになる。
同じ屋根の下で、加持と横になったシンジは、隣に寝ている背中に向かって父・ゲンドウのことを聞く。今まで一緒にいられなかったが、最近少しずつ分かってきたような気がするとシンジは言う。加持は、人は他人を完全には理解できないし、自分自身だって怪しいものだと答える。だからこそ人は、自分や他人を知ろうと努力する。だから人生は面白いんだと言う。ミサトとの仲についてシンジが聞くと、加持は「彼女というのは遥か彼方の女と書く。女性は向こう岸の存在だよ」と言い、男と女の間には、海よりも広くて深い川があるという事だとシンジに聞かせる。それに対して「僕には大人の人は分かりません」とシンジは答えた。
松代では、３号機の起動実験準備が着々と進んでいた。リツコは、即実戦も可能だと見解を示す。ミサトは浮かない顔で、エヴァを４機も独占、その気になれば世界を滅ぼせるわねと嫌味を言う。
学校にトウジの姿が見えず、落ち着かない様子のヒカリの姿があった。「今日は来ないかもね」とアスカが言うと、ヒカリはトウジに渡しそびれた弁当を彼女に勧めた。
エントリープラグの固定が完了した３号機の実験は順調に進められた。しかし、絶対境界線を突破した直後、異常が発生。急いで回路切断を指示するリツコ。体内に高エネルギー反応を確認し、暴走する３号機。直後に大爆発を引き起こす。
AMBIVALENCE
松代の事故を確認したＮＥＲＶ本部は、第一種戦闘配置に入り、エヴァ全機を発進させる。目標が接近し、ＮＥＲＶ本部のモニターに移されたのはエヴァ３号機だった。
エントリープラグの強制射出を試みるが、侵蝕した使徒の影響で認識しない。ゲンドウは、これを〝第１３使徒〟として撃破するように命令する。命令を受けたシンジたちの前に〝使徒〟が姿を現す。
向かってくるエヴァンゲリオンを見たシンジは、ゲンドウに確認を取る。この時点で、シンジはまだパイロットの正体を知らなかった。真実を知らないことに驚いたアスカがそれを伝えようとするが、通信が途絶えてしまう。
アスカの悲鳴の後、弐号機が沈黙したことを知らせるアナウンス。近接戦闘は避けるように零号機のレイに指示を出すゲンドウ。３号機の背後を捕らえたレイは、〝彼〟の存在を認識して躊躇する。その隙に、機敏な動きで零号機をねじ伏せる３号機。零号機へ侵入を開始する使徒。それを見たゲンドウは、神経接続解除を待たずして、零号機の左腕切断を命じる。
負傷した零号機を後にし、初号機へ近づいて行く３号機。ゲンドウは、シンジに向かって使徒を倒すように命ずる。シンジは、パイロットのことが気がかりで攻撃を躊躇する。防戦一方のまま追い詰められる初号機。窮地に陥るシンジに、ゲンドウは戦うことを強要する。我々の敵である以上殺せ、でなければお前が死ぬと。人を殺すよりは自分が死んだ方がマシだと答えるシンジ。
ゲンドウは、シンジと初号機の神経接続を全面カットさせると、ダミーシステムに切り替えるように指示を出す。ダミーシステムに切り替えられた初号機は、そこから猛烈な反撃に転ずる。
初号機は、躊躇なく3号機の首をへし折ると、そのまま地面に叩きつけ、顔面を破壊する。そして、拘束具を無理やり引き剥がすと、動かなくなった体を破壊し尽くして行った。
初号機の暴走を必死に止めようとするシンジが声を上げ続けるが、ダミーシステムは止まらない。ついに、トウジが乗っているエントリープラグを初号機の巨大な手が掴み取る。シンジの悲痛な叫びも空しく、無残に握りつぶした手にＬ.Ｃ.Ｌ.が飛び散る。そして、目標は完全に沈黙した。
ヒカリは、次の日トウジが食べてくれることを想像して弁当の献立を考えていた。今起こっていることを何一つ知らないままに。
負傷するも、命に別状はなかったミサトは、担架で目を覚まし加持の存在に気づく。リツコの安否を確認した後で、３号機の末路について聞かされる。
真実を伝えられなかったことを悔やむミサトは、通信の向こう側にいるシンジに対して、言葉を選びながらも詫び続ける。３号機のパイロットの生存を確認したことを聞いたシンジは、希望を抱いてその光景に目を向けた。しかし、何も知らないままここまで来てしまったシンジの前に、残酷な現実が突きつけられる。意識を失ったトウジの姿を見て、シンジは言葉を失い、発狂する。