漫画版『新世紀エヴァンゲリオン』第１２巻に関する情報です。目次、前巻までのあらすじ、各話に収録された内容を確認することができます。アニメ版との比較や考察の参考資料にお使いください。
イントロダクション
描き下ろしイラストのみ。
PROGRAM － EVANGELION 12
- STAGE.77
- GENOCIDE
- STAGE.78
- 父と子
- STAGE.79
- 約束の時
- STAGE.80
- 邂逅
- STAGE.81
- 空よりの敵
- STAGE.82
- The last instruction
- STAGE.83
- 呼応
前巻までのあらすじ
度重なる使徒との戦いやアスカの精神汚染、暴かれたレイの正体によって心に傷を負ったシンジ。そんな彼と心を通わせたいと願うカヲルだが、拒絶されてしまう。その後カヲルはゼーレからの命令を受け、ネルフ本部に存在するアダムと接触すべく、使徒としての正体を現す。裏切られたと感じ、激高するシンジ。彼はサード・インパクトが起こるのを阻止するために、カヲルを追撃する。ついにアダムの元へ到達したカヲルは、それが〝リリス〟であったことを知る。そしてすべてを悟ったカヲルは、シンジの手で自らを消してほしいと望むのだった。シンジはそれが彼の〝最後の願い〟だと聞き、自分の手によって殺めることを選択する。一方、人類補完計画を遂行するため事を急ぐゼーレは、ネルフ本部のスーパーコンピューター・マギへのハッキングを行う。しかし、リツコのプロテクト作業によって失敗し、ゼーレはネルフおよびエヴァを占拠すべく、戦略自衛隊（戦自）による武力行使を実行した。かくして戦自の侵攻が始まり、エヴァのパイロットであるシンジ達の命が狙われることとなったが……!?
第１２巻の掲載内容
第７７話：GENOCIDE
レイはシンジとの思い出があるジオフロントの庭園に来ている。遠くから銃声や爆発音が届く。軍によるネルフ本部への強襲は過激を極める。非戦闘員を容赦なく殺戮しながら、敵が中心部に迫る。
ミサトはエヴァとパイロットの保護に翻弄する。病院にいたアスカを弐号機に収容し、射出。地底湖に隠して時間稼ぎをする。階段の下でうずくまっているシンジの元に、敵が現れ銃を突きつる。絶体絶命の瞬間にそれを阻止したのは、ゲンドウだった。
第７８話：父と子
ゲンドウは軍人に対して真正面から向き合い、銃撃をＡ・Ｔ・フィールドで阻止する。驚くシンジを無理やり引き起こして、エヴァに乗せようとする。
シンジが拒むと、ゲンドウは心にもない言葉を吐き、ユイへの執着と神への復讐心を告白する。ゲンドウが語る野望にミサトが割って入り、シンジを引き離す。ゲンドウは軍に邪魔されながらも、エヴァに乗れと息子に言う。
シンジは目の前で大人同士が殺し合う様を見てうずくまる。ミサトは、毅然とした態度で、初号機の元へ行くのだと少年に告げる。
第７９話：約束の時
マコトとシゲルは敵襲に備えて銃器を取り出す。マヤは人を撃つことを拒絶する。ミサトは敵の無線を盗み聞いて動きを把握する。時間がないため、シンジを無理やり引き起こす。
シンジは人を殺すくらいなら、抗う事を諦めて死ぬと言う。ミサトはシンジを抱き寄せて、自分のためにエヴァに乗るのだと言う。
軍の空爆が開始される。ジオフロントの天井が吹き飛ばされて大量の火薬が投下される。弐号機の中でアスカは目覚める。レイがダミーシステムの残滓を眺めているところへ、ゲンドウが現れる。
第８０話：邂逅
地底湖の弐号機に爆雷が投下されて追い詰められたアスカは、死を拒んだ先に母の存在を確認し、復活する。ミサトは、シンジに知り得た情報を託す。〈裏〉死海文書に書かれたリリスとアダムの秘密。
使徒の目的がミサトの口から語られる。その時、アスカ生存の報告が入る。アスカは生気を取り戻して、戦自への反撃を開始する。心の中の母の居場所を見出したアスカは、Ａ・Ｔ・フィールドの意味の理解に至る。
第８１話：空よりの敵
アスカは圧倒的な力で戦自の戦力を削いでいく。ゼーレはエヴァの力に対して、同じ力を投入する。突然現れた９機の空挺が、人型の兵器をジオフロントへ投下。カラスのように翼を広げて舞い降りた９体のエヴァシリーズが、弐号機を取り囲む。
第８２話：The last instruction
ミサトは車を飛ばして初号機の元へシンジをいざなう。アスカに連絡を入れ、敵殲滅の重責を託す。アスカは強気の表情で駆け出し、最初の一体を骸に変える。
初号機が格納されたエリアに到着した時、ミサトが撃たれる。ミサトは負傷しながらシンジを送り出そうとする。シンジは、意を決しきれない。ミサトは、シンジに今できることをやるしかないと伝える。誰かに命令され、答えを外に求めるのは終わり。卒業し、大人になるのだと言ってペンダントを託す。
シンジにキスをして再会を約束したミサトは、敵の追撃が迫る中でシンジをゲートの向こうに送り出す。
第８３話：呼応
アスカが４体目のエヴァシリーズを沈黙させる。ミサトは敵の侵攻ぐために自決する。弐号機の活動限界が迫る。
シンジはミサトとの約束、アスカを助けるためにエヴァに乗ろうとする。特殊ベークライトに固められた初号機は動きそうにない。シンジは母を思い叫ぶ。そこに軍の追手が現れた時、突然エヴァ初号機が動き出し、敵を圧殺する。