アスカは、加持とのショッピングに浮かれていた。修学旅行で沖縄に行くために、水着を買うという。アスカは、加持に修学旅行はどこに行ったのか尋ねると、加持はそんなものはなかったと言う。それは、丁度セカンドインパクトが起こった時と重なっていたからだった。
修学旅行を楽しみにしていたアスカに、ミサトは戦闘待機だから行けないと伝える。アスカはミサトに噛み付くが、ミサトはテストの成績のことを言及する。この機会に勉強ができると言って、日本の学校にも慣れるように伝えるが、アスカは納得しなかった。
プールサイドでシンジが勉強をしていると、沖縄で着るはずだった水着を身にまとったアスカが現れる。シンジが苦戦している問題を見たアスカは、すらすらと数式を解いてゆく。テストの成績が悪いのは、あくまで日本語で読めない箇所があるからだというアスカは、熱膨張についても簡単に説明してみせるのだった。
NERV本部に、浅間山火口において使徒らしき影が発見されたことが報告された。既に現地にはミサトが向かっており、詳しいデータを解析していた。観測機の耐圧深度限界まで近づき「パターン青」を確認。発見された使徒は、完成体になっていない蛹の状態であるとリツコは分析する。今回の作戦は、使徒の捕獲を最優先とし、出来る限り原型を留めた状態で生きたまま回収することを目標とした。
極地へ向かうことを買って出たアスカは、弐号機で出撃することを命じられる。耐熱仕様のプラグスーツと極地戦用の装備を施した弐号機を見て、その不格好な姿にアスカは不満を爆発させる。
それでも、代わりにレイが弐号機に乗ると手を上げると、それを拒否して結局自分が乗ることにする。アスカとシンジは、今回の作戦が失敗した場合、空軍による爆撃によって「後始末」があることを聞かされる。そして、その命令はゲンドウの指示であることも伝えられた。
MAGMADIVER
作戦開始を受けて、ワイヤーで吊るされた弐号機は火口へと降りてゆく。深度1020をカウントし、安全深度をオーバーして潜行を続ける弐号機。目標予測地点に着くも、使徒の反応はない。
目標予測を再計算して作戦は続行される。深度1480をカウント。限界深度をオーバーしてもなお目標と接触できない。深度1780。目標予測修正地点に到達すると、アスカの目が目標を捕らえた。
アスカは目標の捕獲に入る。お互いに対流に流されていることから、捕獲のチャンスは一度きりだということが告げられる。
無事に捕獲を成功させたアスカは浮上を開始するが、安心したのも束の間、捕獲した使徒が羽化を始めてしまう。キャッチャーが破壊されたため捕獲は中止され、作戦は使徒殲滅に切り替えられた。
潜行の際に機体を破損し、プログ・ナイフを落とした弐号機は戦闘手段を持たなかった。ミサトは初号機のナイフを上から落として渡すように指示し、それを受け取るようアスカに伝える。
迫り来る第8使徒サンダルフォン。間一髪のところでナイフを受け取り攻撃を受け止めるアスカ。使徒は、大きな口を開き弐号機に喰らいつく。この状況下で口を開けるほど耐熱、耐圧能力に優れた使徒に対して、プログ・ナイフだけでは歯が立たなかった。
そこでアスカは、熱膨張を利用した攻撃に転ずる。自ら冷却液の通るチューブを切断すると、それを使徒に突っ込み全冷却液をそこに集中するように指示する。さらにコアへのナイフ攻撃によって、何とか使徒を引き剥がすことに成功する。しかし、使徒は落ちてゆく際に弐号機のワイヤーを引き裂いてしまう。
「せっかくやったのに……」
最後の一本が切れて覚悟を決めるアスカ。しかし、火口深くへ落ちてしまう前に、初号機の腕が伸びる。シンジが助けてくれたことに気づいたアスカは安堵の表情を浮かべた。
「バカ、無理しちゃって……」
作戦終了後、温泉を満喫する一行。何故か宅配便で送られてきたペンペンと一緒に露天風呂に浸かるシンジ。シャンプーが切れたからとシンジに投げてよこすようにミサトとアスカが言う。仕切りの向こうでじゃれあうミサトとアスカの声を聞いて、シンジは照れる。
夕日を見ながら体を冷ますミサトの体には目立つ傷跡があった。それを見て気に止めるアスカ。セカンドインパクトのときにできたものだとミサトが言った。アスカは、自分の事情も全部知っているのかとミサトに問いかけるが、ミサトは、お互い昔のことだから気にすることはないと答えた。